MRIはCTと比較して中枢神経病変の描出に優れており、ペースメーカー装着者などの検査禁忌を例外とすれば、多くの疾患において第一選択の画像診断である。ただし、超急性期脳出血の診断能はMRIがCTに劣ることやその他の理由(検査室内での患者管理、モニターの容易さなど)から急性期脳血管障害、急性期頭部外傷ではCTが優先される。これ以外の病態ではMRIが優先され、多くの場合MRIだけで診断がつく。組織内石灰化はCTの方が鋭敏度、特異度ともに優れており、必要に応じてCTを行う。

◆CTが第一選択となる疾患

・急性期の脳血管障害（脳梗塞、脳出血、クモ膜下出血）
・急性期の頭部外傷
・骨病変の診断（ただし骨髄内の変化はMRIが有用）、石灰化の描出
・MRIが禁忌または不可能な症例
　（閉所恐怖症、ペースメーカー装着者）
・MRIが困難な症例
　（状態不良、協力を得にくい、生命維持装置を使用中）

◆MRIがきわめて有用な疾患（CTでは所見が得にくい場合）
・多発性硬化症などの脱髄疾患
・変性、代謝性疾患（特に萎縮を伴わない）
・一部の先天奇形（神経細胞遊走障害など）
・発達（髄鞘化）の評価
・髄膜播種
・頭部外傷（軸索損傷、脳幹部損傷など）
・脳幹梗塞

以上はあくまでも一般的な適応であり、CTとMRIの両方が必要な場合もしばしばあり、各施設により装置の性能や可能な撮像方法も異なることから、各施設の状況に応じて適応を検討しておく必要がある。

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参考文献
画像診断ガイドライン-2003 画像診断の進め方に関する放射線科専門医による提言・勧告　日本放射線科専門医会・医会、（社）日本医学放射線学会編